С конца 90-х годов агентство по поиску талантов и звукозаписывающая компания SM Entertainment проводила ежегодные прослушивания в поисках новых талантов, которые смогли бы повторить и приумножить успех таких поп-групп как H.O.T, S.E.S и Shinhwa, также сформированные основателем SM Entertainment Ли Суманом в середине 1990-х годов.

С дебюта бойс-бенда DBSK в 2003 г. прошло не так много времени, как по интернету стали распространяться слухи, что Ли Суман формирует новую мальчиковую группу. В начале 2005 г. Ли Суман официально подтвердил слухи и заявил, что это будет группа из 12-ти человек, они дебютируют в конце года, и представил их как «Ворота на сцену Азии». Суман отметил, что, в отличие от других поп-групп, у членов которых не было никакого опыта до дебюта, участники новой группы были выбраны на основе уже существующих успехов на актерском, телевизионном и модельном поприще. Также Суман заявил, хотя и весьма расплывчато, что это будет группа не с постоянными участниками, а с ежегодной сменой состава.

Какое-то время ходили слухи, что будущая группа будет называться «O.V.E.R.» («Over the Voice for Each Rhythm»), однако до того, как она получила свое настоящее имя, компания называла их просто Junior, что отражало юный возраст участников на тот момент, когда они впервые прибыли в SM на тренировки. После того, как все участники группы продемонстрировали свои таланты, компания окончательно назвала их Super Junior с суффиксом 05 (Super Junior 05), который означал первое поколение СуДжу. Super Junior 05 впервые появились на корейском канале MNet 11 сентября 2005 г., где они демонстрировали различные танцевальные направления, однако это шоу не транслировалось вплоть до 26 мая 2006 г., когда его показали как часть Super Junior Show, первого документального фильма о группе.

Группа Super Junior 05 дебютировала 5 ноября 2005 г. на канале SBS в музыкальной программе Popular Songs с синглом «TWINS (Knock Out)». Цифровой сингл, состоящий из пяти треков, был выложен для он-лайн доступа 8 ноября 2005 г. Первый альбом, Super Junior 05 (TWINS), вышел через месяц и за месяц разошелся тиражом в 28,536 копий, что позволило ему занять 3 место в декабрьском чарте. В том же месяце они записали совместный сингл с группой DBSK «Show Me Your Love», который стал самым продаваемым синглом декабря 2005 г.

После того, как была закончена промо-акция «TWINS (Knock Out)» и «Show Me Your Love», СуДжу 05 выпустили свой второй сингл — «Miracle» в феврале 2006 г., который стал первым синглом группы, достигнувшим первой позиции в он-лайн чартах Южной Корей и в международном музыкальном чарте Таиланда. После того, как закончилась раскрутка этого сингла, SM Entertainment начало отбор новых членов группы для следующего поколения СуДжу — Super Junior 06. Компания даже составила список участников, которые покинут группу, но закончилось все тем, что никого из старых членов не убрали, в мае 2006 года добавили тринадцатого мальчика, отказались от идеи ежегодного обновления состава группы, и она стала называться просто Super Junior.

В 2009 г. был создан официальный фан-клуб E.L.F. («Ever-Lasting Friends»). Официальный цвет группы — перламутровый темно-синий (англ. pearl sapphire blue).

Состав группы: Шивон, Рёук, Донхэ, Ынхёк, Кюхён, Сонмин, Генри Лау и Чжоу Ми.

Super Junior-M - это третья подгруппа корейского бойз-бенда Super Junior, созданная SM Entertainment специально для покорения музыкальной индустрии Китая и Тайваня («M» в названии группы - первая буква в слове «Mandarin» (диалект китайского языка)). В первоначальный состав Super Junior-M входили семь участников — ХанГэн - лидер, Донхэ, Шивон, Рёук, Кюхён и двое новых участников, китайцев, прошедших прослушивание специально для этой группы - Генри Лау и Чжоу Ми. Спустя несколько недель после релиза, альбом «Me» достиг первого места в китайском чарте Top in Music. В 2010 году деятельность группы была временно приостановлена, в связи с тем, что ХанГэн покинул группу.
В феврале 2011 Super Junior-M вернулись с мини-альбомом «太完美 (Perfection)» и двумя участниками в качестве дополнения к оставшимся шестерым. К группе присоединился Ынхек, а так же Сонмин, который стал новым лидером группы.

Состав группы: Итык- лидер группы, Хичоль, Канин, Шиндон, Сонмин, Ынхёк

Super Junior T (Trot) - вторая официальная подгруппа корейского boys-band’a Super Junior, образованная для выступлении в жанре Трот - самой старой форме корейской поп-музыки.
Группа выпустила один сингл «Rokuko», который стал самым продаваемым синглом в Корее в 2007 году. В 2008 году группа вернулась с дебютом в Японии с японской версией «Rokuko».

Состав группы: Итык- лидер группы, Йесон, Канин, Шиндон, Сонмин, Ынхёк

Super Junior H (Happy) - четвертая официальная подгруппа корейского boys-band’a Super Junior, пришедшая на смену Super Junior-T в 2008 году. Практически все члены предыдушей сабгруппы стали членами Super Junior-H, за исключением Хичоля, который был заменен Йесоном.
Стиль группы включает в себя современную танцевальную музыку и жанр баббл-гам, нацеленный на завоевание своего места в музыкальной индустрии посредством забавного и развлекательного образа группы. Главная цель сабгруппы - наполнить фанов чувством блаженства и счастья своей музыкой.
Первый мини-альбом Cooking? Cooking! и клип были выпущены 5 июня 2008 года. Группа дебютировала 7 июня на Dream Concert. Альбом был распродан в тираже 27,122 копий уже к концу августа и занимал 5-ое место в ежемесячных чартах. Второй сингл «Pajama Party» был выпущен 3 августа 2008 года.

Состав группы: Йесон - Лидер группы, Рёук, Кюхён

Super Junior K.R.Y (Kyuhyun, Ryeowook,Yesung. ) - первая официальная подгруппа корейского boys-band’a Super Junior, образованная в ноябре 2006 года и нацеленная на более взрослую аудиторию слушателей. Группа состоит из Йесона, Рёука и Кюхёна, которые имеют самые превосходные и высокие вокальные данные в группе Super Junior.
Сабгруппа выступает в жанре баллад и балладного R&B, который был очень популярен в условиях общего застоя в корейской музыкальной индустрии.
Дебют группы состоялся на Music Bank 5 ноября 2006 года с песней «The One I Love».
Трио записало много саундтрэков ко множеству фильмов и дорам, в том числе три трека в сериалу Hyena . Официально группа не выпустила своего сингла или альбома, только участвует в записи совместных альбомов с другими артистами и саундтрэков.
1 августа 2010 в Японии состоялся первый концерт сабгруппы вместе с Донхэ и Сонмином.